In vitro Transkriptomuntersuchungen in Patienten-abgeleiteten Blasentumororganoiden im zeitlichen Verlauf der Kultivierungsperiode

Abstract

Blasentumororganoide (BCO) stellen für die personalisierte Medizin einen aktuellen Forschungsgegenstand dar, welcher die gegenwärtige Diagnostik und Therapie von Blasentumoren ergänzen kann. Ziel dieser Arbeit war es, einen Transkriptionsvergleich von verschiedenen BCOLinien über deren Kultivierungsperiode hinweg anzustellen. Die extrahierte bulkRNA wurde via differential gene expression und qRT-PCR analysiert und verglichen. Sowohl in der Analyse des Gesamttranskriptoms via differential gene expression als auch mehrheitlich in der qRT-PCR von pathologisch relevanten Markern konnte eine stabile Transkriptexpression in den BCO-Linien im zeitlichen Verlauf gezeigt werden. Zudem konnte in zwei BCO-Linien aus verschiedenen Krankheitsstadien eines Tumors desselben Patienten ein ähnliches Expressionsmuster zwischen den beiden Linien beobachtet werden. Im Gegensatz zur Literatur konnte eine klonale Evolution in BCO-Linien im zeitlichen Verlauf der Kultivierung in diesen Versuchsreihen nicht beschrieben werden. Ergebnisse an den jeweiligen Expressionsmustern der quantitativ analysierten Transkripte (z.B. ANGPTL4) könnten für zukünftige Versuche zur Verbesserung von Kulturmedien genutzt werden. Die hier gezeigte Ähnlichkeit des Transkriptoms zweier BCO-Linien aus unterschiedlichen Stadien eines Tumors desselben Patienten spricht für eine Wiederholbarkeit von Organoidmodellen im klinischen Setting bei Tumorprogress oder Rezidiven. Insgesamt spricht das stabile Transkriptexpressionsverhalten der BCOs für eine Konzentrierung auf die Kultivierung von frühen Passagen (P < 6). Zudem gibt es wenig Gründe, BCOs in höhere Passagen (P ≥ 6) zu kultivieren. Die Anpassung der Etablierungsdefinition hin zu geringeren Passagen bietet Vorteile im klinischen Setting. So können Screeningmodelle präziser sein, da wenig Zeit bis zur Etablierung des Organoidmodells verloren geht. Auch sind Medikamententests möglich und die kürzere Kultivierungsdauer bietet wirtschaftliche Vorteile. Dennoch ist die Kultivierung in höhere Passagen nicht uninteressant, da durch die Expandierfähigkeit zu größeren Zellmassen neue Forschungsthemen erschlossen werden.